در حالی که نحوه کشته‌شدن اسماعیل‌هنیه در تهران هنوز مبهم است، خبرگزاری فارس، وابسته به سپاه، گزارش نیویورک تایمز درباره چگونگی کشته شدن هنیه با یک بمب در محل اقامتش را «دروغ‌پردازی» خواند و گفت هنیه با اصابت یک پرتابه کشته شده و نقش اسرائیل در این حمله انکارناپذیر است.
نیویورک‌تایمز گزارش داده بود یک دستگاه انفجاری ماه‌ها پیش از سفر این رهبر ارشد حماس به تهران قاچاق شده بود و از حدود دو ماه پیش نیز در محل اقامت اسماعیل هنیه، کار گذاشته شده بود.
پنج تن از منابع مطلع که نامشان اعلام نشده، در گفتگو با نیویورک‌تایمز با تایید اینکه این میهمان‌خانه امنیتی که تحت نظارت و حفاظت سپاه پاسداران در منطقه مرفه‌نشین شمال تهران (سعدآباد) قرار دارد، بخشی از مجموعه نشاط به شمار می‌رود.
ابن بمب در حالی که هنیه بعد از حضور در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان به محل اقامت خود بازگشته بود از راه دور منفجر شد و علاوه بر هنیه یک محافظ او را نیز کشت.
تصویری که از این ساختمان منتشر شده نشان می‌دهد این انفجار که ساختمان را لرزاند و تعدادی از پنجره‌ها را شکست، باعث فروپاشی بخشی از دیوار خارجی ساختمان محل اقامت هنیه شد.
به گفته دو مقام جمهوری اسلامی که عضو سپاه پاسداران و در جریان حادثه بودند، خرابی ایجاد شده در ساختمان کاملا مشهود است. این تخریب در عکسی از این ساختمان که نسخه‌ای از آن در اختیار روزنامه نیویورک تایمز قرار گرفته، کاملا مشخص است.
این انفجار درحالی اتفاق افتاد که تهران به دلیل میزبانی مراسم تحلیف مسعود پزشکیان و حضور مقامات ارشد دولتی، فرماندهان نظامی و شخصیت‌های برجسته از ۸۶ کشور برای این مراسم تحت تدابیر امنیتی شدید بود.
به گفته سه مقام جمهوری اسلامی، انجام چنین عملیاتی در تهران، یک شکست فاجعه‌آمیز از نظر اطلاعاتی و امنیتی برای تهران و رخدادی شرم‌آور برای سپاه پاسداران است که از این مجموعه برای میزبانی از مقام‌های برجسته و نیازمند به محافظت شدید بهره می‌برد.چگونگی انتقال و تعبیه این دستگاه انفجاری در اتاق هنیه هنوز نامشخص است.
مقام‌های مطلع مورد مصاحبه در این گزارش نیویورک‌تایمز بر این باورند که انجام این عملیات نیازمند ماه‌ها برنامه‌ریزی، سرمایه‌گذاری و دسترسی به اطلاعات دقیق و طراز اول از نحوه نظارت گسترده بر این مجموعه بوده است.
دو مقام جمهوری اسلامی که جزئیات ترور را توصیف کردند، از چگونگی و زمان انتقال و تعببه مواد منفجره در اتاق هنیه بی‌اطلاع بودند.
بر اساس گزارش نیویورک‌تایمز این انفجار حدود ساعت ۲ بامداد به وقت محلی، رخ داد. پرسنل پزشکی مستقر در مجموعه بلافاصله پس از وقوع انفجار به اتاق او رفتند و پس از معاینه هنیه، مرگ فوری او را تایید کردند. تلاش‌ها برای احیای محافظ هنیه نیز بی‌نتیجه ماند و او هم کشته شد.
این روزنامه آمریکایی بر اساس گفته‌های دو مقام جمهوری اسلامی مورد مصاحبه نوشته که زیاد نخاله، رهبر جهاد اسلامی فلسطین، که در اتاق مجاور اقامت داشته است آسیبی ندیده و این حاکی از آن است که برنامه‌ریزی دقیقی برای هدف قرار دادن هنیه درجریان بوده است.
پنج مقام خاورمیانه‌ای نیز به نیویورک‌تایمز گفته‌اند که خلیل الحیه، معاون فرمانده حماس در نوار غزه که در سفر تهران همراه هنیه بوده، به صحنه حادثه رسید و جسد هنیه را دید.
نیویورک تایمز با استناد به گفته‌های سه مقام جمهوری اسلامی نوشته که مقام‌های ارشد ایرانی از جمله اسماعیل قاآنی، فرمانده نیروی قدس، به سرعت از این حادثه مطلع شدند و نهایتا آیت‌الله علی خامنه‌ای، در جریان اتفاق قرار گرفت.
چهار ساعت پس از وقوع انفجار، سپاه پاسداران بیانیه‌ای صادر کرد و تایید کرد که هنیه کشته شده است. سه مقام ایرانی گفته‌اند که آیت‌الله خامنه‌ای ساعت ۷ صبح اعضای شورای عالی امنیت ملی ایران را به مقر خود احضار کرد و دستور حملات تلافی‌جویانه علیه اسرائیل را صادر کرد.
با اینکه اسرائيل به طور علنی مسئولیت این اقدام را بر عهده نگرفته است اما مقام‌های جمهوری اسلامی و حماس روز چهارشنبه اعلام کردند که اسرائیل مسئول ترور است. به نوشته نیویورک‌تایمز ارزیابی چند مقام آمریکایی که نخواستند نامشان فاش شود، نیز همین است.
نیویورک تایمز با استناد به گفته‌های پنج مقام خاورمیانه‌ای نوشته که مقام‌های اطلاعاتی اسرائیل بلافاصله پس از وقوع عملیات جزئیات آن را به ایالات متحده و دیگر دولت‌های غربی اطلاع دادند. این درحالی است که روز چهارشنبه، آنتونی بلینکن، وزیر امور خارجه ایالات متحده، گفت که ایالات متحده هیچ پیش‌اطلاعاتی درباره این عملیات دریافت نکرده است.
شبکه خبری سی‌ان‌ان هم ساعتی بعد از گزارش نیویورک تایمز، به نقل از یک منبع آگاه گزارش داده بود اسماعیل هنیه بر اثر انفجار بمبی که از هفته‌ها قبل در اتاق محل اقامت او در تهران جاسازی شده بود و در زمان حضور او در اتاق، از راه دور منفجر شد، کشته شد.
وب‌سایت خبری اکسیوس هم به نقل از دو منبع آگاه نوشت اسماعیل هنیه بر اثر انفجار بمب در اتاق خواب محل اقامت خود در تهران کشته شده است. بر اساس این گزارش، موساد این بمب را پیش‌تر در محل اقامت او کار گذاشته بود.
گزارش‌هایی که در رسانه‌های داخل ایران منتشر شده است، حاکی از آن است که ممکن است یک پهپاد انتحاری یا یک موشک هدایت‌شونده دقیق که از فاصله‌ای نزدیک شلیک شده است، هنیه را هدف گرفته باشد.
در رسانه‌های ایران همچنین این نظریه هم مطرح شد که ممکن است نرم‌افزار جاسوسی روی گوشی تلفن همراه او نصب شده باشد که امکان ردیابی مکان او و در نهایت کشتن او را فراهم کرده است.
تا به امروز، مقامات جمهوری اسلامی در مورد شرایط خاص پیرامون مرگ این چهره کلید حماس که از سال ۱۳۹۶ رابط اصلی بین تهران و حماس بود، اظهار نظری نکرده‌اند.